refactor: 重组项目目录结构

以讲义内容为骨架迁移到标准目录格式：
- officefile/ 主内容（12章 + 附录 + CC4SI补充）
- dofile/ 代码示例（11个Python脚本）
- data/ 图片资源
- output/ 生成输出（忽略）
- Archive/ 归档旧目录（忽略）
- .claude/skills/ 保留markdown-to-docx工具链
- .pandoc/ 保留CSL和本地化配置

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

dofile/examples/README.md

@@ -0,0 +1,178 @@
+# 可运行代码示例
+
+本目录包含书中提到的所有可运行代码示例，按章节组织。
+
+## 目录结构
+
+```
+examples/
+├── 00-introduction/           # 导论部分示例
+│   └── setup-first-assistant/ # 第一个空间AI助手
+├── 01-foundations/            # 基础原理示例
+│   ├── modular-system/        # 模块化系统
+│   ├── state-machine/         # 状态机实现
+│   ├── probability/           # 概率与不确定性
+│   ├── feedback/              # 反馈与学习
+│   └── hitl/                  # 人机协同
+├── 02-spatial-intelligence/   # 空间智能示例
+│   ├── spatial-representation/ # 空间表征
+│   ├── spatial-reasoning/     # 空间推理
+│   ├── mcdm/                  # 多准则决策
+│   ├── optimization/          # 空间优化
+│   └── uncertainty/           # 不确定性量化
+├── 03-autonomous-design/      # 自主设计示例
+│   ├── workflow/              # 工作流编排
+│   ├── agents/                # Agent设计
+│   ├── skills/                # 技能组合
+│   └── memory/                # 记忆管理
+└── templates/                 # 项目模板
+    ├── basic-skill.md
+    ├── langgraph-workflow.py
+    └── hitl-checkpoint.py
+```
+
+## 快速开始
+
+### 环境配置
+
+```bash
+# 克隆仓库
+git clone https://github.com/your-org/CC4SI.git
+cd CC4SI
+
+# 创建虚拟环境
+python -m venv venv
+source venv/bin/activate  # Linux/Mac
+# 或
+venv\Scripts\activate  # Windows
+
+# 安装依赖
+pip install -r requirements.txt
+```
+
+### 运行示例
+
+```bash
+# 导论示例：第一个空间助手
+python 00-introduction/setup-first-assistant/spatial_helper.py
+
+# 基础原理示例：状态机
+python 01-foundations/state-machine/workflow_state_machine.py
+
+# 空间智能示例：空间推理
+python 02-spatial-intelligence/spatial-reasoning/corridor_detection.py
+```
+
+## 示例说明
+
+### 00-introduction/setup-first-assistant
+
+**目标**：搭建第一个空间AI助手
+
+**内容**：
+- `spatial_helper.py` - 空间分析助手类
+- `create_sample_data.py` - 创建示例数据
+- `README.md` - 使用说明
+
+**运行**：
+```bash
+cd 00-introduction/setup-first-assistant
+python spatial_helper.py
+```
+
+---
+
+### 01-foundations/modular-system
+
+**目标**：理解模块化系统设计
+
+**内容**：
+- `pipeline.py` - 空间分析流水线
+- `skills.py` - 技能封装示例
+- `composition.py` - 函数式组合
+
+---
+
+### 01-foundations/state-machine
+
+**目标**：实现状态机工作流
+
+**内容**：
+- `workflow_state_machine.py` - 完整状态机实现
+- `langgraph_example.py` - LangGraph版本
+
+---
+
+### 02-spatial-intelligence/mcdm
+
+**目标**：多准则决策分析
+
+**内容**：
+- `ahp.py` - 层次分析法
+- `sensitivity.py` - 敏感性分析
+- `weighted_overlay.py` - 加权叠加
+
+---
+
+### 03-autonomous-design/workflow
+
+**目标**：工作流编排实践
+
+**内容**：
+- `dag_workflow.py` - DAG工作流
+- `conditional_routing.py` - 条件路由
+- `error_handling.py` - 错误处理模式
+
+---
+
+## 依赖要求
+
+```
+python>=3.10
+
+# 核心依赖
+geopandas>=0.13.0
+shapely>=2.0.0
+rasterio>=1.3.0
+networkx>=3.0
+
+# AI框架
+langchain>=0.1.0
+langgraph>=0.0.20
+anthropic>=0.18.0
+
+# 可视化
+matplotlib>=3.7.0
+folium>=0.14.0
+
+# 数据处理
+pandas>=2.0.0
+numpy>=1.24.0
+
+# 科学计算
+scipy>=1.10.0
+scikit-learn>=1.3.0
+```
+
+## 使用建议
+
+1. **边学边做**：阅读相关章节后立即运行对应示例
+2. **修改实验**：在理解代码基础上进行修改和实验
+3. **错误调试**：遇到错误时尝试独立解决，培养调试能力
+4. **记录笔记**：在代码注释或笔记本中记录你的理解
+
+## 贡献示例
+
+欢迎贡献更多示例！
+
+**示例质量要求**：
+1. 代码可运行
+2. 有清晰注释
+3. 包含使用说明
+4. 说明设计意图
+
+详见 [CONTRIBUTING.md](../CONTRIBUTING.md)
+
+## 许可
+
+所有示例代码遵循项目许可证：CC BY-NC-SA 4.0