docs: 调整附录与第二章排版，补充模块/包说明

- AGENTS.md: 新增 Codex 代理说明文件
- .gitignore: 屏蔽第三方工具目录 (.prism/, .claudeprism/, .agents/)
- preamble: 启用 xcolor dvipsnames 选项，新增 GREEN 颜色与 \greenheading 命令
- ch02-framework: 修正智能体段落引号格式
- ap01-programming: 补充 Python 模块与包的对比说明（esp_engine 示例）
- ap02-vibe-coding: 应用 \greenheading 标题样式，强调 commit 作为审核检查点
- 移除 2026_DesignAI.code-workspace（放弃 workspace 持久化方案）

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

officefile/latex/appendices/ap01-programming.tex

@@ -494,6 +494,47 @@ train\_model(100, optimizer="SGD", lr=0.1)
 
 导入模块
 
+Python 通过\textbf{模块}（module）和\textbf{包}（package）组织代码复用：一个 \texttt{.py} 文件就是一个模块，含有 \texttt{\_\_init\_\_.py} 的文件夹就是一个包，使用 \texttt{from 包.包.模块 import 函数/类} 的语法导入。
+
+以本书生态安全格局项目中的 \texttt{esp\_engine/} 为例：
+
+\begin{verbatim}
+esp_engine/
+├── data_manager.py        ← 模块（1个文件，7个函数）
+├── io/                    ← 包（文件夹，2个模块）
+│   ├── __init__.py
+│   ├── raster_io.py       ← 7个函数
+│   └── vector_io.py       ← 5个函数
+├── steps/                 ← 包（文件夹，10个模块）
+│   ├── __init__.py
+│   ├── reclassify.py
+│   ├── cost_distance.py
+│   └── ...（8个文件）
+└── workflows/             ← 包（文件夹，6个模块）
+    ├── __init__.py
+    ├── suitability.py
+    └── ...（5个文件）
+\end{verbatim}
+
+何时用模块、何时用包？原则很简单——看体量（表\ref{tab:module-vs-package}）。
+
+\begin{table}[htbp]
+\centering
+\caption{模块与包的选择原则}
+\label{tab:module-vs-package}
+\begin{tabular}{@{} l l l @{}}
+\toprule
+\textbf{情况} & \textbf{做法} & \textbf{项目中的例子} \\
+\midrule
+功能集中，一个文件装得下 & 模块（单个 .py） & data\_manager.py：7个函数全是数据预处理 \\[3pt]
+功能分多个领域，各有独立逻辑 & 包（文件夹+子模块） & steps/：10个文件，每个是一种 GIS 操作 \\[3pt]
+拿捏不准 & 先做模块，膨胀了再拆 & — \\
+\bottomrule
+\end{tabular}
+\end{table}
+
+一句话：\textbf{模块是``够用就好的最小单位''，包是``需要分家时的组织方式''}。
+
 \emph{\# 导入标准库}
 
 \textbf{import} os